Linux Howto

Commands for file/directory operation ファイルやディレクトリの操作を行うコマンド

Network commands ネットワーク関連のコマンド

Text-control commands テキスト操作のコマンド

Redirect & pipe コマンドの出力、コマンドへの入力、コマンドの接続を行う構文

Configuration 設定用コマンド

Package manager パッケージのインストール

Editor テキストエディター

Commands for file/directory operation
ファイルやディレクトリの操作を行うコマンド

ls : List directory contents ディレクトリ内のコンテンツをリストする


[kawamura@gauss ~]$ ls
Desktop  a.out  a.tar.gz  bin  intel  lib  program  work
[kawamura@gauss ~]$ ls program/
HPhi  Komega  QE  cif2input  combo  openmx  respack
[kawamura@gauss ~]$ ls -FC
Desktop/  a.out*  a.tar.gz  bin/  intel/  lib/  program/  work/
[kawamura@gauss ~]$ ls -l
total 88
drwxr-xr-x  2 kawamura ozaki  4096 Jun 14  2018 Desktop
-rwxr-xr-x  1 kawamura ozaki 20311 Jan 29 22:23 a.out
-rw-rw-rw-  1 kawamura ozaki 33920 Oct 10 10:21 a.tar.gz
drwxrwxr-x  2 kawamura ozaki  4096 Oct  9 19:06 bin
drwxr-xr-x  3 kawamura ozaki  4096 Aug  8  2018 intel
drwxr-xr-x  2 kawamura ozaki  4096 Apr  1  2019 lib
drwxrwxr-x  9 kawamura ozaki  4096 Jan 10 14:10 program
drwxrwxr-x 22 kawamura ozaki 12288 Mar  9 17:12 work

コマンドの後にスペースをあけて、「-」から始まる文字をつけているが、これをオプションという。この場合はオプションによって表示のさせ方を変えている。

cd : Change the current directory 現在自分が居る場所(ディレクトリ)から移動する
```
[kawamura@gauss ~]$ cd program/
[kawamura@gauss program]$
          
```
mv : Move / rename files and directries ファイルやディレクトリを他の場所に動かす
```
[kawamura@gauss ~]$ mv a.txt work/
[kawamura@gauss ~]$ mv work/a.txt b.txt
          
```
2番目はファイル名を変更している(リネーム)
cp : Copy files and directories ファイルやディレクトリをコピーする。
```
[kawamura@gauss ~]$ cp a.txt b.txt
[kawamura@gauss ~]$ cp a.txt work/
[kawamura@gauss ~]$ cp -r work/ work2/
          
```
ディレクトリの中身を含めて丸ごとコピーするときにはオプション「-r」(recursive:再帰的)を加える。
rm : remove files and directories ファイルやディレクトリを消す。
```
[kawamura@gauss ~]$ rm b.txt
[kawamura@gauss ~]$ rm -r work2/
          
```
ディレクトリを消すときには「-r」をつける。これにより中身ごと消える。 元に戻すことはできないので注意

mkdir : Make directory


[kawamura@gauss ~]$ mkdir work2

Network commands ネットワーク関連のコマンド

ssh-keygen : Generate public and private key pair for ssh and scp
```
ssh-keygen -t rsa
          
```
Then press return key.

ssh : Connect to remote host


kawamura@mypc:~$ ssh -Y kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp

scp : Copy files/directories to/from remote host


kawamura@mypc:~$ scp kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/a.txt .
kawamura@mypc:~$ scp b.txt kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/
kawamura@mypc:~$ scp -r kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/work .

wget :Download from Web


[kawamura@gauss ~]$ wget http://t-ozaki.issp.u-tokyo.ac.jp/openmx3.9.tar.gz

Text-control commands テキスト操作のコマンド

cat : display text file


[kawamura@gauss ~]$ cat a.txt
ABCDE 10 4
12345 8 90
abcdf 3 20

less : View text file interactively
```
[kawamura@gauss ~]$ less a.txt
          
```
Then type 'h' to see the operation.

grep : search matching strings in a text file


[kawamura@gauss ~]$ grep 123 a.txt
12345 8 90

sed : Stream editor


[kawamura@gauss ~]$ sed -e "s/ABCDE/OPQRS/g" a.txt
OPQRS 10 4
12345 8 90
abcdf 3 20

awk : Process each row and column


[kawamura@gauss ~]$ awk '{print $2+$3, $1, $2*$3}' a.txt
14 ABCDE 40
98 12345 720
23 abcdf 60

Redirect & pipe コマンドの出力、コマンドへの入力、コマンドの接続を行う構文

> : Standard-output redirect. Flow standard output into a file


[kawamura@gauss ~]$ date > b.txt
[kawamura@gauss ~]$ cat b.txt
Mon Apr 13 16:43:05 JST 2020

| : pipe. Connect commands


[kawamura@gauss ~]$ grep ABC a.txt
ABCDE 10 4
[kawamura@gauss ~]$ grep ABC a.txt | awk '{print $2}'
10

Configuration 設定用コマンド

alias : Create short-cut command
```
alias lsfc="ls -FC"
          
```
export : Set environment variable
```
export PATH=${PATH}:~/bin/
          
```
~/.basrc : configuration file. It is a shell script file which is automatically executed when we log-in. We can also execute it manually as:
```
[kawamura@gauss ~]$ source ~/.bashrc
          
```

Tips for WSL

Make symbolic links to Windows folder in WSL home directory


ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Downloads/ ~/download
ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/OneDrive/ ~/onedrive
ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Dropbox/ ~/dropbox
ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Desktop/ ~/desktop
ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/ ~/win

Startup xlaunch


echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc
mv ~/desktop/config.xlaunch /mnt/c/Users/kawamuura/AppData/Roaming/Microsoft/Windows/Start\ Menu/Programs/Startup/

Xlaunch config

Turn off "native opengl"

Package manager パッケージのインストール

apt : Install, uninstall, update linux packages


sudo apt update
sudo apt upgrade

apt search


sudo apt install XXX
sudo apt purge XXX

pip : Install, uninstall, update python packages


sudo -H python3 -m pip install XXX
sudo -H python3 -m pip list -O
sudo -H python3 -m pip install -U XXX

Editor テキストエディター

様々なテキストファイルを開いて編集操作を行うプログラムをエディターという(Windowsでは「メモ帳」など)。エディターは「vim」「emacs」などさまざまあり、好みや目的に応じてどれを使うかを決めるわけであるが、はじめてつかうときには「nano」(GNU nano)を使うのが良いと思う。機能は限られるが、特に覚える事はない。


nano

なにも付けずにこのコマンドを実行すると空のファイル(保存前)が開かれる。既存のファイルを開くときには


nano -m abc.txt

とすると、このような画面になる。「-m」のオプションをつけるとマウスが使えるようになる。


GNU nano 2.9.3                                                                             abc.txt

ABCDE 10 4
12345 8 90
abcdf 3 20


^G Get Help      ^O Write Out     ^W Where Is      ^K Cut Text      ^J Justify       ^C Cur Pos       M-U Undo         M-A Mark Text    M-] To Bracket   ^B Back          ^Left Prev Word
^X Exit          ^R Read File     ^\ Replace       ^U Uncut Text    ^T To Spell      ^_ Go To Line    M-E Redo         M-6 Copy Text    M-W WhereIs Next ^F Forward       ^Right Next Word

画面下部に出ているのはショートカットキー一覧であり、ファイルの保存等の操作をこれを用いて行う。上で「-m」のオプションをつけて起動した場合にはこれらの文字の部分をクリックすることでも操作ができる。例えば「^X Exit」はCtrlキーを押しながら「x」を押すとnanoが終了する事を意味する。終了する際ファイルを保存するか聞かれる場合もある。「M-U Undo」はAltキーを押しながら「u」を押すとアンドゥ、すなわち直前の入力を取り消して元に戻す操作が行われる事を意味する。
emacsやvimはより機能が豊富なエディターであるが、習得するのに覚えることが多くなる。また、プログラムのソースコードを書くときにはエディターこれらのエディターを使うよりもプログラムの作成に最適化された「統合開発環境(IDE)」を使うことをおすすめする。 IDEとして例えばPythonならばPyCharm、C++ならばVisualStudio、FortranならばCode::Blocksなどがある。

Configuration-file examples

~/.bashrc : Bash setting


export DISPLAY=localhost:0.0
export PATH=$PATH:~/bin/
alias cp="cp -p"
alias scp="scp -p"
#
# SSH key
#
SSH_AGENT_FILE=$HOME/.ssh-agent
test -f $SSH_AGENT_FILE && source $SSH_AGENT_FILE
if ! ssh-add -l > /dev/null 2>&1; then
  ssh-agent > $SSH_AGENT_FILE
  source $SSH_AGENT_FILE
  ssh-add $HOME/.ssh/id_rsa
  ssh-add $HOME/.ssh/id_rsa_fx
fi

~/.vimrc : Vim setting
```
colorscheme ron
          
```

~/.emacs : Emacs setting


;;;;;;; Background color ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
(add-to-list 'default-frame-alist '(background-color . "black"))
;;;;;;; foreground color ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;
(add-to-list 'default-frame-alist '(foreground-color . "white"))
;;;;;;; Set various color ;;;;;;;
(global-font-lock-mode t)
;;; goto--line  ;;;
(global-set-key "\M-g" 'goto-line)
;;; Input method  ;;;
(setq default-input-method "japanese")
(global-set-key (kbd "") 'toggle-input-method)
;;; Space lather than tab
(setq-default tab-width 4 indent-tabs-mode nil)
;;; Be Ctrl-z unavailable
(global-unset-key (kbd "C-z"))

.dircolors : Colors used for ls command


DIR 01;36 # directory
LINK 00;33 # symbolic link.

Linux Howto

Commands for file/directory operation ファイルやディレクトリの操作を行うコマンド

ls : List directory contents ディレクトリ内のコンテンツをリストする

cd : Change the current directory 現在自分が居る場所(ディレクトリ)から移動する

[kawamura@gauss ~]$ cd program/ [kawamura@gauss program]$

mv : Move / rename files and directries ファイルやディレクトリを他の場所に動かす

[kawamura@gauss ~]$ mv a.txt work/ [kawamura@gauss ~]$ mv work/a.txt b.txt 2番目はファイル名を変更している(リネーム)

cp : Copy files and directories ファイルやディレクトリをコピーする。

[kawamura@gauss ~]$ cp a.txt b.txt [kawamura@gauss ~]$ cp a.txt work/ [kawamura@gauss ~]$ cp -r work/ work2/ ディレクトリの中身を含めて丸ごとコピーするときにはオプション「-r」(recursive:再帰的)を加える。

rm : remove files and directories ファイルやディレクトリを消す。

[kawamura@gauss ~]$ rm b.txt [kawamura@gauss ~]$ rm -r work2/ ディレクトリを消すときには「-r」をつける。これにより中身ごと消える。 元に戻すことはできないので注意

mkdir : Make directory

[kawamura@gauss ~]$ mkdir work2

Network commands ネットワーク関連のコマンド

ssh-keygen : Generate public and private key pair for ssh and scp

ssh-keygen -t rsa Then press return key.

ssh : Connect to remote host

kawamura@mypc:~$ ssh -Y kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp

scp : Copy files/directories to/from remote host

kawamura@mypc:~$ scp kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/a.txt . kawamura@mypc:~$ scp b.txt kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/ kawamura@mypc:~$ scp -r kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/work .

wget :Download from Web

[kawamura@gauss ~]$ wget http://t-ozaki.issp.u-tokyo.ac.jp/openmx3.9.tar.gz

Text-control commands テキスト操作のコマンド

cat : display text file

[kawamura@gauss ~]$ cat a.txt ABCDE 10 4 12345 8 90 abcdf 3 20

less : View text file interactively

[kawamura@gauss ~]$ less a.txt Then type 'h' to see the operation.

grep : search matching strings in a text file

[kawamura@gauss ~]$ grep 123 a.txt 12345 8 90

sed : Stream editor

[kawamura@gauss ~]$ sed -e "s/ABCDE/OPQRS/g" a.txt OPQRS 10 4 12345 8 90 abcdf 3 20

awk : Process each row and column

[kawamura@gauss ~]$ awk '{print $2+$3, $1, $2*$3}' a.txt 14 ABCDE 40 98 12345 720 23 abcdf 60

Redirect & pipe コマンドの出力、コマンドへの入力、コマンドの接続を行う構文

> : Standard-output redirect. Flow standard output into a file

[kawamura@gauss ~]$ date > b.txt [kawamura@gauss ~]$ cat b.txt Mon Apr 13 16:43:05 JST 2020

| : pipe. Connect commands

[kawamura@gauss ~]$ grep ABC a.txt ABCDE 10 4 [kawamura@gauss ~]$ grep ABC a.txt | awk '{print $2}' 10

Configuration 設定用コマンド

alias : Create short-cut command

alias lsfc="ls -FC"

export : Set environment variable

export PATH=${PATH}:~/bin/

~/.basrc : configuration file. It is a shell script file which is automatically executed when we log-in. We can also execute it manually as:

[kawamura@gauss ~]$ source ~/.bashrc

Tips for WSL

Make symbolic links to Windows folder in WSL home directory

ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Downloads/ ~/download ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/OneDrive/ ~/onedrive ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Dropbox/ ~/dropbox ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Desktop/ ~/desktop ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/ ~/win

Startup xlaunch

echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc mv ~/desktop/config.xlaunch /mnt/c/Users/kawamuura/AppData/Roaming/Microsoft/Windows/Start\ Menu/Programs/Startup/

Xlaunch config

Turn off "native opengl"

Package manager パッケージのインストール

apt : Install, uninstall, update linux packages

sudo apt update sudo apt upgrade

apt search

sudo apt install XXX sudo apt purge XXX

pip : Install, uninstall, update python packages

sudo -H python3 -m pip install XXX sudo -H python3 -m pip list -O sudo -H python3 -m pip install -U XXX

Editor テキストエディター

Configuration-file examples

~/.bashrc : Bash setting

~/.vimrc : Vim setting

colorscheme ron

~/.emacs : Emacs setting

.dircolors : Colors used for ls command

DIR 01;36 # directory LINK 00;33 # symbolic link.

Commands for file/directory operation
ファイルやディレクトリの操作を行うコマンド

`[kawamura@gauss ~]$ cd program/ [kawamura@gauss program]$`

`[kawamura@gauss ~]$ mv a.txt work/ [kawamura@gauss ~]$ mv work/a.txt b.txt`
2番目はファイル名を変更している(リネーム)

`[kawamura@gauss ~]$ cp a.txt b.txt [kawamura@gauss ~]$ cp a.txt work/ [kawamura@gauss ~]$ cp -r work/ work2/`
ディレクトリの中身を含めて丸ごとコピーするときにはオプション「-r」(recursive:再帰的)を加える。

`[kawamura@gauss ~]$ rm b.txt [kawamura@gauss ~]$ rm -r work2/`
ディレクトリを消すときには「-r」をつける。これにより中身ごと消える。元に戻すことはできないので注意

`[kawamura@gauss ~]$ mkdir work2`

`ssh-keygen -t rsa`
Then press return key.

`kawamura@mypc:~$ ssh -Y kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp`

`kawamura@mypc:~$ scp kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/a.txt . kawamura@mypc:~$ scp b.txt kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/ kawamura@mypc:~$ scp -r kawamura@gauss.issp.u-tokyo.ac.jp:~/work .`

`[kawamura@gauss ~]$ wget http://t-ozaki.issp.u-tokyo.ac.jp/openmx3.9.tar.gz`

`[kawamura@gauss ~]$ cat a.txt ABCDE 10 4 12345 8 90 abcdf 3 20`

`[kawamura@gauss ~]$ less a.txt`
Then type 'h' to see the operation.

`[kawamura@gauss ~]$ grep 123 a.txt 12345 8 90`

`[kawamura@gauss ~]$ sed -e "s/ABCDE/OPQRS/g" a.txt OPQRS 10 4 12345 8 90 abcdf 3 20`

`[kawamura@gauss ~]$ awk '{print $2+$3, $1, $2*$3}' a.txt 14 ABCDE 40 98 12345 720 23 abcdf 60`

`[kawamura@gauss ~]$ date > b.txt [kawamura@gauss ~]$ cat b.txt Mon Apr 13 16:43:05 JST 2020`

`[kawamura@gauss ~]$ grep ABC a.txt ABCDE 10 4 [kawamura@gauss ~]$ grep ABC a.txt | awk '{print $2}' 10`

`alias lsfc="ls -FC"`

`export PATH=${PATH}:~/bin/`

`[kawamura@gauss ~]$ source ~/.bashrc`

`ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Downloads/ ~/download ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/OneDrive/ ~/onedrive ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Dropbox/ ~/dropbox ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/Desktop/ ~/desktop ln -fs /mnt/c/Users/kawamura/ ~/win`

`echo "export DISPLAY=localhost:0.0" >> ~/.bashrc mv ~/desktop/config.xlaunch /mnt/c/Users/kawamuura/AppData/Roaming/Microsoft/Windows/Start\ Menu/Programs/Startup/`

`sudo apt update sudo apt upgrade`

`sudo apt install XXX sudo apt purge XXX`

`sudo -H python3 -m pip install XXX sudo -H python3 -m pip list -O sudo -H python3 -m pip install -U XXX`

`colorscheme ron`

`DIR 01;36 # directory LINK 00;33 # symbolic link.`